460-4100/01 – Algoritmy pro bioinformatiku (ABI)

Garantující katedraKatedra informatikyKredity4
Garant předmětuprof. RNDr. Václav Snášel, CSc.Garant verze předmětuIng. Jana Nowaková, Ph.D.
Úroveň studiapregraduální nebo graduálníPovinnostvolitelný odborný
Ročník2Semestrzimní
Odkaz na webJazyk výukyčeština
Rok zavedení2015/2016Rok zrušení
Určeno pro fakultyFEIUrčeno pro typy studianavazující magisterské
Výuku zajišťuje
Os. čís.JménoCvičícíPřednášející
NOW021 Ing. Jana Nowaková, Ph.D.
SNA57 prof. RNDr. Václav Snášel, CSc.
Rozsah výuky pro formy studia
Forma studiaZp.zak.Rozsah
prezenční Klasifikovaný zápočet 2+2
kombinovaná Klasifikovaný zápočet 10+0

Cíle předmětu vyjádřené dosaženými dovednostmi a kompetencemi

Absolvent předmětu získá následující znalosti a dovednosti: teoretické základy bioinformatiky, implementace a aplikace vybraných metod pro analýzu DNA, RNA a proteinů. vizualizace dat.

Vyučovací metody

Přednášky
Cvičení (v učebně)

Anotace

V předmětu se studenti seznámí se základními přístupy, metodami a algoritmy z bioinformatiky. Přednášky poskytnou nezbytné množství teorie tak, aby mohla být aplikována při samostatné práci studentů na cvičeních. Cvičení nabídnou prostor pro prodiskutování problematiky, ukázku praktických úloh a procvičení na jednoduchých zadáních.

Povinná literatura:

Wing-Kin Sung. Algorithms in Bioinformatics: A Practical Introduction. Chapman & Hall/CRC Mathematical & Computational Biology. 2009 Arthur Lesk. Introduction to Bioinformatics. Oxford University Press, 2014. Fatima Cvrčková. Úvod do praktické bioinformatiky. 1. vyd. Praha: Academia, 2006. Pierre Baldi;G. Wesley Hatfield. DNA Microarrays and Gene Expression: From Experiments to Data Analysis and Modeling. Cambridge University Press 2002.

Doporučená literatura:

Caroline St. Clair, Jonathan E. Visick. Exploring Bioinformatics: A Project-Based Approach. Jones & Bartlett Learning, 2013.

Způsob průběžné kontroly znalostí během semestru

E-learning

Další požadavky na studenta

Další požadavky na studenta nejsou kladeny.

Minimální znalostní požadavky

Prerekvizity

Předmět nemá žádné prerekvizity.

Korekvizity

Předmět nemá žádné korekvizity.

Osnova předmětu

Přednášky: 1) Úvod do molekulární biologie 2) Podobnost sekvencí 3) Suffixové stromy 4) Vyhledávání v databázích 5) Alignment 6) Algoritmus Needleman-Wunsch 7) Dynamické programování 8) Predikce sekundární struktury RNA 9) Predikce genů 10) Evoluční stromy 11) Sekvenování DNA 12) Populační genetika Cvičení na počítačové učebně: 1) Procvičení základních pojmů ze stringologie 2) Procvičení algoritmů pro výpočet podobnosti sekvencí 3) Algoritmy pro konstrukci suffixové stromy 4) Informace o základních biologických databázích, ukázka použití 5) Procvičení algoritmů pro výpočet Alignmentu 6) Algoritmus Needleman-Wunsch 7) Příklady využití dynamického programování 8) Algoritmy pro predikci sekundární struktury RNA 9) Procvičení pojmů potřebných pro predikci genů. 10) Procvičení algoritmů pro tvorbu evolučních stromů 11) Procvičení pojmů potřebných pro sekvenování DNA 12) Procvičení pojmů potřebných pro populační genetiku

Podmínky absolvování předmětu

Prezenční forma (platnost od: 2015/2016 zimní semestr)
Název úlohyTyp úlohyMax. počet bodů
(akt. za podúlohy)
Min. počet bodů
Klasifikovaný zápočet Klasifikovaný zápočet 100  51
Rozsah povinné účasti:

Zobrazit historii

Výskyt ve studijních plánech

Akademický rokProgramOborSpec.FormaJazyk výuky Konz. stř.RočníkZLTyp povinnosti
2017/2018 (N2647) Informační a komunikační technologie (2612T025) Informatika a výpočetní technika P čeština Ostrava 2 volitelný odborný stu. plán
2017/2018 (N2647) Informační a komunikační technologie (2612T025) Informatika a výpočetní technika K čeština Ostrava 2 volitelný odborný stu. plán
2016/2017 (N2647) Informační a komunikační technologie (2612T025) Informatika a výpočetní technika P čeština Ostrava 2 volitelný odborný stu. plán
2016/2017 (N2647) Informační a komunikační technologie (2612T025) Informatika a výpočetní technika K čeština Ostrava 2 volitelný odborný stu. plán
2015/2016 (N2647) Informační a komunikační technologie (2612T025) Informatika a výpočetní technika P čeština Ostrava 2 volitelný odborný stu. plán
2015/2016 (N2647) Informační a komunikační technologie (2612T025) Informatika a výpočetní technika K čeština Ostrava 2 volitelný odborný stu. plán

Výskyt ve speciálních blocích

Název blokuAkademický rokForma studiaJazyk výuky RočníkZLTyp blokuVlastník bloku