460-4100/01 – Algoritmy pro bioinformatiku (ABI)
Garantující katedra | Katedra informatiky | Kredity | 4 |
Garant předmětu | prof. RNDr. Václav Snášel, CSc. | Garant verze předmětu | Ing. Michal Vašinek, Ph.D. |
Úroveň studia | pregraduální nebo graduální | Povinnost | volitelný odborný |
Ročník | 2 | Semestr | zimní |
| | Jazyk výuky | čeština |
Rok zavedení | 2015/2016 | Rok zrušení | 2022/2023 |
Určeno pro fakulty | FEI | Určeno pro typy studia | navazující magisterské |
Cíle předmětu vyjádřené dosaženými dovednostmi a kompetencemi
Absolvent předmětu získá následující znalosti a dovednosti:
teoretické základy bioinformatiky,
implementace a aplikace vybraných metod pro analýzu DNA, RNA a proteinů.
vizualizace dat.
Vyučovací metody
Přednášky
Cvičení (v učebně)
Anotace
V předmětu se studenti seznámí se základními přístupy, metodami a algoritmy z bioinformatiky.
Přednášky poskytnou nezbytné množství teorie tak, aby mohla být aplikována při samostatné práci studentů na cvičeních.
Cvičení nabídnou prostor pro prodiskutování problematiky, ukázku praktických úloh a procvičení na jednoduchých
zadáních.
Povinná literatura:
Wing-Kin Sung. Algorithms in Bioinformatics: A Practical Introduction. Chapman & Hall/CRC Mathematical & Computational Biology. 2009
Arthur Lesk. Introduction to Bioinformatics. Oxford University Press, 2014.
Fatima Cvrčková. Úvod do praktické bioinformatiky. 1. vyd. Praha: Academia, 2006.
Pierre Baldi;G. Wesley Hatfield. DNA Microarrays and Gene Expression: From Experiments to Data Analysis and Modeling. Cambridge University Press 2002.
Doporučená literatura:
Caroline St. Clair, Jonathan E. Visick. Exploring Bioinformatics: A Project-Based Approach. Jones & Bartlett Learning, 2013.
Forma způsobu ověření studijních výsledků a další požadavky na studenta
E-learning
Další požadavky na studenta
Další požadavky na studenta nejsou kladeny.
Prerekvizity
Předmět nemá žádné prerekvizity.
Korekvizity
Předmět nemá žádné korekvizity.
Osnova předmětu
Přednášky:
1) Úvod do molekulární biologie
2) Podobnost sekvencí
3) Suffixové stromy
4) Vyhledávání v databázích
5) Alignment
6) Algoritmus Needleman-Wunsch
7) Dynamické programování
8) Predikce sekundární struktury RNA
9) Predikce genů
10) Evoluční stromy
11) Sekvenování DNA
12) Populační genetika
Cvičení na počítačové učebně:
1) Procvičení základních pojmů ze stringologie
2) Procvičení algoritmů pro výpočet podobnosti sekvencí
3) Algoritmy pro konstrukci suffixové stromy
4) Informace o základních biologických databázích, ukázka použití
5) Procvičení algoritmů pro výpočet Alignmentu
6) Algoritmus Needleman-Wunsch
7) Příklady využití dynamického programování
8) Algoritmy pro predikci sekundární struktury RNA
9) Procvičení pojmů potřebných pro predikci genů.
10) Procvičení algoritmů pro tvorbu evolučních stromů
11) Procvičení pojmů potřebných pro sekvenování DNA
12) Procvičení pojmů potřebných pro populační genetiku
Podmínky absolvování předmětu
Výskyt ve studijních plánech
Výskyt ve speciálních blocích
Hodnocení Výuky