460-6029/01 – Biomarkery a výpočetní proteomika (VP)

Garantující katedraKatedra informatikyKredity10
Garant předmětudoc. MUDr. Vít Procházka, Ph.D.Garant verze předmětudoc. MUDr. Vít Procházka, Ph.D.
Úroveň studiapostgraduálníPovinnostpovinně volitelný typu B
RočníkSemestrzimní + letní
Jazyk výukyčeština
Rok zavedení2019/2020Rok zrušení
Určeno pro fakultyFEIUrčeno pro typy studiadoktorské
Výuku zajišťuje
Os. čís.JménoCvičícíPřednášející
DYS0006 Mgr. Tereza Dýšková, Ph.D.
FIL0152 Ing. Regina Fillerová, Ph.D.
KRI0203 doc. Dr. Ing. Eva Kriegová
MIK0424 Mgr. Zuzana Mikulková, Ph.D.
PRO0283 doc. MUDr. Vít Procházka, Ph.D.
SCH0341 Mgr. Petra Schneiderová
Rozsah výuky pro formy studia
Forma studiaZp.zak.Rozsah
prezenční Zkouška 28+0
kombinovaná Zkouška 28+0

Cíle předmětu vyjádřené dosaženými dovednostmi a kompetencemi

Cílem kurzu je poskytnout posluchači všeobecný přehled v proteomice, se speciálním zaměřenéím na biomarkery, analýzo a interpretaci proteomických dat. Dále se individuálně prohloubí tyto znalosti a dovednosti směrem, který je v souladu se specifickým zaměřením jeho doktorandského studia a disertační práce.

Vyučovací metody

Semináře
Individuální konzultace
Projekt
Ostatní aktivity

Anotace

Předmět zaměřen na biomarkery, jejich validace a verifikace a jejich využití v biomedicíně. Dále bude student seznámen s metodami a nástroji používanými ve výpočetní biologii a proteomice (alignment sekvencí a struktur, predikce struktury proteinů, skládání proteinů, interakce protein-protein, proteinový design a modelování). Budou diskutovány kvalitativní a kvantitativní metody detekce proteinů, jejich význam a využití v biomedicíně a diskutován dopad změn na vybraná onemocnění a komplikace. Cílem je pomoci studentům rychle zvládnout problematiku proteomiky, jejich klinického využití a interpretací proteomických dat a být schopni používat výpočetní nástroje k řešení problémů v jejich vlastním výzkumu. Budou diskutovány příklady a praktické ukázky analýz relevantních datových souborů a praktické využití proteomiky a analýz proteomu v biomedicíně.

Povinná literatura:

• Barh D, Carpi A, Verma M, Gunduz M. Cancer Biomarkers: Minimal and Noninvasive Early Diagnosis and Prognosis. 1st Edition (2017) CRC Press • Series Editors: Cohen IR, Lajtha A, Lambris JD, Pailetti R, Rezaei N. Advances in Experimental Medicine and Biology. Springer Nature International Publishing AG. ISSN: 0065-2598 • Twyman, R. M. Principles of Proteomics, 2nd Edition (2013), Garland Science, New York • Lovaric, J. Introducing Proteomics (2011), Wiley-Blackwell, Hoboken, New Jersey

Doporučená literatura:

• Goh W.W., Wong, L. Computational proteomics: designing a comprehensive analytical strategy. Drug Discov Today. 2014.

Forma způsobu ověření studijních výsledků a další požadavky na studenta

Průběžná kontrola studijních aktivit a přiřazených úkolů v rámci pravidelných konzultací. V případě, že součástí úkolů studenta bude rovněž publikační činnost, bude příslušný článek v rámci kurzu odprezentován.

E-learning

Další požadavky na studenta

Student vypracovává a obhajuje práci na zadané téma.

Prerekvizity

Předmět nemá žádné prerekvizity.

Korekvizity

Předmět nemá žádné korekvizity.

Osnova předmětu

• biomarkery a jejich využití v medicíně • validace a verifikace biomarkerů • využití proteomiky a analýz proteomu v klinických aplikacích • identifikace a charakterizace proteinů (metody detekce, de novo sekvenování, testování významnosti, posttranslační modifikace, skládání proteinů a degradace, proteinové komplexy) • kvalitativní a kvantitativní analýzy proteinů, metody detekce proteinů • predikce struktury proteinů, modelování struktury proteinů • klinicky významné proteiny ve zdraví a nemoci • vybrané kapitoly z klinické hemato-onkologie a imunologie, neinvazivní biomarkery • proteomické databáze • analýza a interpretace dat vytvořených v proteomických experimentech

Podmínky absolvování předmětu

Prezenční forma (platnost od: 2019/2020 zimní semestr)
Název úlohyTyp úlohyMax. počet bodů
(akt. za podúlohy)
Min. počet bodů
Zkouška Zkouška  
Rozsah povinné účasti:

Zobrazit historii

Výskyt ve studijních plánech

Akademický rokProgramObor/spec.Spec.ZaměřeníFormaJazyk výuky Konz. stř.RočníkZLTyp povinnosti
2020/2021 (P0588D140003) Bioinformatika a výpočetní biologie P čeština Ostrava povinně volitelný typu B stu. plán
2020/2021 (P0588D140003) Bioinformatika a výpočetní biologie K čeština Ostrava povinně volitelný typu B stu. plán

Výskyt ve speciálních blocích

Název blokuAkademický rokForma studiaJazyk výuky RočníkZLTyp blokuVlastník bloku