460-6029/01 – Biomarkery a výpočetní proteomika (VP)
| Garantující katedra | Katedra informatiky | Kredity | 10 |
| Garant předmětu | prof. MUDr. Vít Procházka, Ph.D. | Garant verze předmětu | prof. MUDr. Vít Procházka, Ph.D. |
| Úroveň studia | postgraduální | Povinnost | povinně volitelný typu B |
| Ročník | | Semestr | zimní + letní |
| | Jazyk výuky | čeština |
| Rok zavedení | 2019/2020 | Rok zrušení | |
| Určeno pro fakulty | FEI | Určeno pro typy studia | doktorské |
Cíle předmětu vyjádřené dosaženými dovednostmi a kompetencemi
Cílem kurzu je poskytnout posluchači všeobecný přehled v proteomice, se speciálním zaměřenéím na biomarkery, analýzo a interpretaci proteomických dat. Dále se individuálně prohloubí tyto znalosti a dovednosti směrem, který je v souladu se specifickým zaměřením jeho doktorandského studia a disertační práce.
Vyučovací metody
Semináře
Individuální konzultace
Projekt
Ostatní aktivity
Anotace
Předmět zaměřen na biomarkery, jejich validace a verifikace a jejich využití v biomedicíně. Dále bude student seznámen s metodami a nástroji používanými ve výpočetní biologii a proteomice (alignment sekvencí a struktur, predikce struktury proteinů, skládání proteinů, interakce protein-protein, proteinový design a modelování). Budou diskutovány kvalitativní a kvantitativní metody detekce proteinů, jejich význam a využití v biomedicíně a diskutován dopad změn na vybraná onemocnění a komplikace. Cílem je pomoci studentům rychle zvládnout problematiku proteomiky, jejich klinického využití a interpretací proteomických dat a být schopni používat výpočetní nástroje k řešení problémů v jejich vlastním výzkumu. Budou diskutovány příklady a praktické ukázky analýz relevantních datových souborů a praktické využití proteomiky a analýz proteomu v biomedicíně.
Povinná literatura:
• Barh D, Carpi A, Verma M, Gunduz M. Cancer Biomarkers: Minimal and Noninvasive Early Diagnosis and Prognosis. 1st Edition (2017) CRC Press
• Series Editors: Cohen IR, Lajtha A, Lambris JD, Pailetti R, Rezaei N. Advances in Experimental Medicine and Biology. Springer Nature International Publishing AG. ISSN: 0065-2598
• Twyman, R. M. Principles of Proteomics, 2nd Edition (2013), Garland Science, New York
• Lovaric, J. Introducing Proteomics (2011), Wiley-Blackwell, Hoboken, New Jersey
Doporučená literatura:
• Goh W.W., Wong, L. Computational proteomics: designing a comprehensive analytical strategy. Drug Discov Today. 2014.
Forma způsobu ověření studijních výsledků a další požadavky na studenta
Průběžná kontrola studijních aktivit a přiřazených úkolů v rámci pravidelných konzultací. V případě, že součástí úkolů studenta bude rovněž publikační činnost, bude příslušný článek v rámci kurzu odprezentován.
Ústní zkouška.
E-learning
Další požadavky na studenta
Student vypracovává a obhajuje práci na zadané téma.
Prerekvizity
Předmět nemá žádné prerekvizity.
Korekvizity
Předmět nemá žádné korekvizity.
Osnova předmětu
• biomarkery a jejich využití v medicíně
• validace a verifikace biomarkerů
• využití proteomiky a analýz proteomu v klinických aplikacích
• identifikace a charakterizace proteinů (metody detekce, de novo sekvenování, testování významnosti, posttranslační modifikace, skládání proteinů a degradace, proteinové komplexy)
• kvalitativní a kvantitativní analýzy proteinů, metody detekce proteinů
• predikce struktury proteinů, modelování struktury proteinů
• klinicky významné proteiny ve zdraví a nemoci
• vybrané kapitoly z klinické hemato-onkologie a imunologie, neinvazivní biomarkery
• proteomické databáze
• analýza a interpretace dat vytvořených v proteomických experimentech
Podmínky absolvování předmětu
Výskyt ve studijních plánech
Výskyt ve speciálních blocích
Hodnocení Výuky
Předmět neobsahuje žádné hodnocení.