717-3744/01 – Úvod do molekulárních simulací (UMS)

Garantující katedra	Katedra fyziky	Kredity	5
Garant předmětu	doc. RNDr. Dalibor Ciprian, Ph.D.	Garant verze předmětu	doc. RNDr. Dalibor Ciprian, Ph.D.
Úroveň studia	pregraduální nebo graduální	Povinnost	povinně volitelný
Ročník	2	Semestr	zimní
		Jazyk výuky	čeština
Rok zavedení	2016/2017	Rok zrušení	2017/2018
Určeno pro fakulty	HGF, USP	Určeno pro typy studia	navazující magisterské

Výuku zajišťuje
Os. čís.	Jméno	Cvičící	Přednášející
CIP10	doc. RNDr. Dalibor Ciprian, Ph.D.
TRO70	Mgr. Jana Trojková, Ph.D.

Rozsah výuky pro formy studia
Forma studia	Zp.zak.	Rozsah
prezenční	Klasifikovaný zápočet	2+2

Cíle předmětu vyjádřené dosaženými dovednostmi a kompetencemi

Cílem předmětu je seznámit studenty se základními principy a metodami molekulárního modelování.

Vyučovací metody

Přednášky
Semináře
Individuální konzultace
Cvičení (v učebně)

Anotace

Výuka je orientována na praktické aplikace, po prezentaci teoretických základů bude kladen důraz na řízenou samostatnou práci studentů s využitím několika dostupných softwarových systémů.

Povinná literatura:

Nezbeda, I., J. Kolafa J., Kotrla M.: Úvod do počítačových simulací. Metody Monte Carlo a molekulární dynamiky, Karolinum, Praha 2003, ISBN 80-246-0649-6

Doporučená literatura:

Doporučená literatura je pouze v anglickém jazyce.

Další studijní materiály

Studijní opory v systému E-výuka

Forma způsobu ověření studijních výsledků a další požadavky na studenta

Diskuse na cvičeních během semestru

E-learning

E-learning není k dispozici

Další požadavky na studenta

Předpokládá se systematická domácí příprava studentů.

Prerekvizity

Předmět nemá žádné prerekvizity.

Korekvizity

Předmět nemá žádné korekvizity.

Osnova předmětu

1. Nejdůležitější oblasti aplikace statistických metod ve fyzice, práce se soubory mnoha částic. 2. Atom a molekula, typy silového působení, popis molekuly, stupně volnosti, mezimolekulární působení. 3. Modely spojité a mřížkové, klasické a kvantové. 4. Základy molekulární dynamiky. 5. Základy metody Monte Carlo. 6. Typy veličin, střední hodnoty a jejich simulace. 7. Realizace pseudoexperimentu, volba metody, okrajové podmínky, velikost souborů. 8. Metody používané pro řešení klasických systémů. 9. Kvantové simulace. 10. Software, hardwarové požadavky, volně dostupné nástroje. 11. Praktické aspekty, časová analýza a odhad chyb. 12. Praktická realizace simulace jednoduchých problémů metodami molekulární dynamiky a Monte Carlo s využitím softwarových prostředků jako je MATLAB, QWalk apod. 13. Představení práce v systému Material Studio.

Podmínky absolvování předmětu

Prezenční forma (platnost od: 2016/2017 zimní semestr, platnost do: 2017/2018 letní semestr)

Název úlohy	Typ úlohy	Max. počet bodů (akt. za podúlohy)	Min. počet bodů	Max. počet pokusů
Klasifikovaný zápočet	Klasifikovaný zápočet	100	51	3

Rozsah povinné účasti:

Zobrazit historii

Podmínky absolvování předmětu a účast na cvičeních v rámci ISP:

Zobrazit historii

Výskyt ve studijních plánech

Akademický rok	Program	Obor/spec.	Forma	Jazyk výuky	Konz. stř.	Ročník	Typ povinnosti
2017/2018	(N1701) Fyzika	(1702T001) Aplikovaná fyzika	P	čeština	Ostrava	2	povinně volitelný	stu. plán
2016/2017	(N1701) Fyzika	(1702T001) Aplikovaná fyzika	P	čeština	Ostrava	2	povinně volitelný	stu. plán
2016/2017	(N1701) Fyzika	(1702T001) Aplikovaná fyzika	P	čeština	Ostrava	2	povinně volitelný	stu. plán

Výskyt ve speciálních blocích

Název bloku	Akademický rok	Forma studia	Jazyk výuky	Ročník	Z	L	Typ bloku	Vlastník bloku

Hodnocení Výuky

Předmět neobsahuje žádné hodnocení.