9600-1012/01 – Úvod do molekulových simulací (UMS)

Garantující katedraIT4InnovationsKredity4
Garant předmětuprof. RNDr. René Kalus, Ph.D.Garant verze předmětuprof. RNDr. René Kalus, Ph.D.
Úroveň studiapregraduální nebo graduálníPovinnostpovinně volitelný typu A
Ročník2Semestrletní
Jazyk výukyčeština
Rok zavedení2016/2017Rok zrušení
Určeno pro fakultyFMTUrčeno pro typy studianavazující magisterské
Výuku zajišťuje
Os. čís.JménoCvičícíPřednášející
KAL0063 prof. RNDr. René Kalus, Ph.D.
VIT0060 Mgr. Aleš Vítek, Ph.D.
Rozsah výuky pro formy studia
Forma studiaZp.zak.Rozsah
prezenční Zápočet a zkouška 2+1
kombinovaná Zápočet a zkouška 10+5

Cíle předmětu vyjádřené dosaženými dovednostmi a kompetencemi

Po absolvování předmětu bude student schopen: - aktivně používat pojmy z oblasti molekulových simulací metodami Monte Carlo a molekulové dynamiky, - implementovat jednoduché modely, - provést počítačové simulace a zpracovat jejich výsledky, - rozšířit si získané znalosti oboru samostatným studiem.

Vyučovací metody

Přednášky
Cvičení (v učebně)

Anotace

V rámci tohoto předmětu si posluchači osvojí teoretické základy molekulárního modelování a budou seznámeni s problematikou molekulární dynamiky a metod Monte Carlo.

Povinná literatura:

1.Nezbeda, I., Kolafa J., Kotrla M. Úvod do počítačových simulací. Metody Monte Carlo a molekulární dynamiky, Karolinum, Praha 2003, ISBN 80-246-0649-6. 2.Allen, M.P., Tildesley, D.J. Computer Simulations of Liquids. Oxford Science Publications, Oxford 1989, ISBN 0-19-855645-4.

Doporučená literatura:

1.Hinchliffe, A., Molecular modelling for beginners, Second edition, John Wiley & Sons Ltd, Chichester 2008, ISBN 978-0-470-51313-2.

Forma způsobu ověření studijních výsledků a další požadavky na studenta

E-learning

Další požadavky na studenta

Žádné další požadavky.

Prerekvizity

Předmět nemá žádné prerekvizity.

Korekvizity

Předmět nemá žádné korekvizity.

Osnova předmětu

1. Repetitorium klasické statistické termodynamiky, statistické soubory. 2. Repetitorium klasické mechaniky, pohybové rovnice. 3. Molekulové a mezimolekulové interakce, silová pole. 4. Metody molekulární dynamiky pro NVE soubor. 5. Metody molekulární dynamiky pro další statistické soubory. 6. Numerické řešiče pohybových rovnic. 7. Markovovy řetězce, přechodové matice, Metropolisův algoritmus. 8. Generátory pseudonáhodných čísel. 9. Metody Monte Carlo pro NVT soubor. 10. Metody Monte Carlo pro další statistické soubory. 11. Metody urychlení konvergence (parallel tempering). 12. Repetitorium kvantové mechaniky a kvantové statistické termodynamiky. 13. Kvantové metody Monte Carlo.

Podmínky absolvování předmětu

Prezenční forma (platnost od: 2019/2020 zimní semestr)
Název úlohyTyp úlohyMax. počet bodů
(akt. za podúlohy)
Min. počet bodů
Zápočet a zkouška Zápočet a zkouška 100 (100) 51
        Zápočet Zápočet  
        Zkouška Zkouška 100  51
Rozsah povinné účasti: Vypracování samostatného projektu a jeho prezentace, ústní zkouška.

Zobrazit historii

Výskyt ve studijních plánech

Akademický rokProgramObor/spec.Spec.ZaměřeníFormaJazyk výuky Konz. stř.RočníkZLTyp povinnosti
2021/2022 (N0719A270002) Nanotechnologie MM1 P čeština Ostrava 2 povinně volitelný typu A stu. plán
2020/2021 (N0719A270002) Nanotechnologie MM1 P čeština Ostrava 2 povinně volitelný typu A stu. plán
2019/2020 (N0719A270002) Nanotechnologie MM1 P čeština Ostrava 2 povinně volitelný typu A stu. plán

Výskyt ve speciálních blocích

Název blokuAkademický rokForma studiaJazyk výuky RočníkZLTyp blokuVlastník bloku